Диапазон научных проблем, которым занимается Э.Ж.Маанаев, весьма широк: он охватывает различные вопросы всеобщей истории, а также истории Отечества.

   Основные направления научных исследований Э.Ж.Маанаева и труды, вышедшие по ним:

  Вопросы, связанные с этногенезом и этнической историей кыргызов:

«Этническая история кыргызского народа». - Б.,2008; «Кыргыз элинин этникалык ѳнүгүүсү». -Б.,2003 (в соавторстве с Каратаевым О.К.);

  История кыргызов, проживающих за пределами Кыргызстана:«Кыргызстандан тышкары жашаган кыргыздардын тарыхынан».- Ф.,1969;   «На крыше мира» (историко-этнографический очерк о памиро-афганских кыргызах)-Ф., 1983 (соавторстве с Плоских В.В.);

   Место и роль интеллигенции в общественно-политической жизни кыргызов: «Деятельность Компартии Киргизии по дальнейшему повышению роли интеллигенции в условиях развитого социализма». –Ф.,1975; «Кыргызская интеллигенция. Становление, роль в общественно-политической жизни (20-30 гг.)». –Б., 2001 (соавторстве с Курмановым З.К.);

Роль  личности в истории кыргызского народа:«И.Арабаев – алгачкы агартуучу, окумуштуу жана саясий коомдук ишмери». –Б.,1999; «И.Арабаев – кыргыз элинин алгачкы окумуштуусу жана саясий коомдук ишмери». –Б.,2002 (соавторстве с А.Осмонкуловым);

Идейно-воспитательная работа:«Комплексный подход к воспитанию людей» -Ф.,1978; «Воспитание активной жизненной позиции» -Ф.,1984;  Вопросы идеологии: «Кыргызстандагы идеологиялык кырдаал жана анын келечеги» - Б.,2012; «Идеология современного Кыргызстана и ее перспективы» -Б.,2012; «Вопросы идеологии в современном Кыргызстане» -Б.,2016; «Кыргызстандагы идеология маселелери» -Б.,2016;

По направлению «этнография»:«Жаӊы салттарды, динсиз майрамдарды турмушка кеӊири колдонолу» -Ф.,1966;

Словари и справочные издания по истории Кыргызстана:«Тарыхый терминдердин орусча-кыргызча сѳздүгү» -Б.,2005; «Атеизм боюнча терминдердин орусча-кыргызсча сѳздүгү» -Ф.,1969; «Кыргызская Республика. (Краткое справочное издание)» -Б.,1998.

Участие в создании коллективных трудов по истории Кыргызстана: «История Киргизии», т. 1, -Ф.,1968; «Очерки истории Коммунистической партии Киргизии», - Ф.,1982;

Учебно-методические издания:«Программа по истории Кыргызстана для студентов исторических специальностей дневного обучения», (соавторстве с Усуповой Н.С.); «Учебно-методические рекомендации для подготовки к экзаменам по истории Кыргызстана для выпускников высших учебных заведений». – Б.,2005; 2008, 2010, 2011 (соавторстве с Усуповой Н.С.) и. др.

Подготовка научно-педагогических кадров:8 докторов исторических наук, более 10 кандидатов исторических наук.